Bij het eerste keer opstarten van System Explorer biedt het programma de mogelijkheid om een Beveiligingscontrole te starten. Het programma gaat dan van alle actieve processen controleren of deze veilig zijn. Dit proces neemt enkele minuten in beslag. Bij de controle worden onder meer Microsoft, Avira, AVG en Kaspersky geraadpleegd.

Eenmaal gestart zien we dat het programma is opgedeeld in een aantal tabbladen. Op het eerste tabblad, Taken, worden alleen actieve toepassingen weergegeven. Het is mogelijk om een programma te eindigen, waarna echt alle processen van die toepassing in één keer gestopt worden. Op het volgende tabblad, Processen, worden alle actieve processen weergegeven. Handig hierbij is dat duidelijk onderscheid wordt gemaakt tussen hoofd- en subprocessen. Ook is het zeer eenvoudig om bijvoorbeeld essentiële Windows-services eruit te filteren en om in één oogopslag nieuwe processen, de veiligheid van een proces en eventuele parameters waarmee het proces is gestart, te zien. Ook een leuke functie is de vizierknop: is er een programma waarvan je het proces niet kunt vinden, dan kun je de vizierknop naar dat programma slepen en wordt automatisch het relevante proces in System Explorer geselecteerd.

Op het tabblad Prestaties worden we overspoeld met grafieken. Helaas zijn de grafieken niet netjes uitgelijnd en wordt een verkeerd lettertype gebruikt. Het laatste tabblad is Geschiedenis met daarop recente systeemgebeurtenissen, maar er kan nog veel meer bekeken worden op andere, standaard verborgen tabbladen, zoals verbindingen, systeeminformatie, drivers, netwerken en meer.