Een upgrade van Leopard (OS X 10.5) naar Snow Leopard (OS X 10.6) zou voor het grootste deel soepel moeten verlopen. Maar naast de applicaties waarvan Apple heeft aangegeven dat ze niet meer zullen werken onder OS X 10.6 blijken meerdere applicaties kuren te vertonen.Apple heeft zelf een lijstje van applicaties die niet (of niet goed) werken onder OS X 10.6. Maar dat dit lijstje verre van compleet is blijkt wel uit gefrustreerde forumposts op het internet.
Zo blijkt Adobe's Creative Suite erg buggy te zijn, ondanks eerdere toezeggingen van Apple dat de Adobe-programma's geheel compatibel zijn. Ook verwijdert de Snow Leopard-update alle versies van Java voor SE 6, waardoor oudere applicaties tegen problemen aan kunnen lopen.
Wie rondneust op forums loopt al snel tegen een lijstje van applicaties aan die onder 10.6 niet meer werken. Hieronder vallen aMSN, Apple Server Admin Tools, CuteFTP, District 9 Screensaver, Filemaker (bepaalde versies), Macfusion, ooVoo, TivoDesktop, GP Desktop, Plaxo, Vonage Companion en ZumoDrive. Ook werken een aantal schijfapplicaties niet meer, zoals PGP Full Disk Encryption, PGP Desktop, CheckPoint SecureClient, Norton Anti-Virus, Sophos Anti-Virus (4.9.19) en Symantec Antivirus. Wie van deze applicaties afhankelijk is kan beter wachten met upgraden tot er een nieuwe versie beschikbaar is.