Het is ook zeer onwaarschijnlijk dat het bedrijf ooit wel een deal zal sluiten met de softwaregigant aangezien Shuttleworth een groot probleem heeft met Microsofts bedreigingen omtrent het oneigenlijke gebruik van niet-gespecificeerde patenten door de Linux-gemeenschap.

"De beschuldiging van Microsoft dat de Linux-gemeenschap een aantal niet-gespecificeerde patenten zonder toestemming gebruikt, is een loos dreigement", aldus Shuttleworth op zijn weblog. "We denken dat de beschuldiging nergens op is gebaseerd. Er is voor ons dan ook geen enkele reden om samen te werken met Microsoft, ondanks dat we samen mooie dingen zouden kunnen ontwikkelen." Shuttleworth gelooft ook de belofte niet die Microsoft heeft gemaakt dat ze distributeurs die een deal sluiten over de patenten niet voor de rechter zullen slepen. De distributeurs die een deal met Microsoft hebben gesloten, hebben volgens Shuttleworth een "vals gevoel van veiligheid".

Microsoft heeft deals gesloten met Linux-distributeurs Novell, Xandros en Linspire. In de deal staat onder andere dat Microsoft de distributeur en de klanten van de distributeurs niet zal aanklagen over het gebruik van Microsofts patenten. Shuttleworth heeft totaal geen interesse in een dergelijke deal. Hij vindt ook dat Microsoft niet goed het Open XML-formaat ondersteunt. Het Open Document-formaat (ODF) is volgens Shuttleworth een beter formaat en meer open dan Microsofts OpenXML.

Canonical is niet de eerste distributeur die een overeenkomst met Microsoft over patenten weigert. Red Hat weigerde ook een deal te sluiten omdat het geen ‘innovatiebelasting' aan Microsoft wil betalen.